В 1893 году Митрофан Богаевский держал экзамен в Донской имени Александра III кадетский корпус, но не прошел по конкурсу и поступил в Новочеркасскую классическую мужскую гимназию, которую окончил в 1903 году. Обучаясь в гимназии, увлекся историей и литературой в ущерб другим наукам, поэтому и окончил гимназию на два года позже своих сверстников.